税费改革被喻为中国农村继土地改革、家庭联产承包之后的第三次农村革命，保护了农民的利益，重新调整规范了农村的分配关系，给农业、农村和农民带来了新的希望和生机，随着税费改革的逐步深化，在旧的税费体制下形成的一些问题逐步暴露出来。解决农村贫困地区税费改革后出现的新问题，应采取以下对策：
加大对农村贫困地区的政策倾斜，从法律和制度上规范国家与农民的分配关系。从项目、科技、资金等方面对农村贫困地区给予扶持，促进农民减负增收和农村公益事业健康发展，推进农村经济社会全面发展。调整财政支农资金的使用方向，更多地转向农村公共产品的供应上。国家应将各种支农资金加以整合，并将支农资金的使用方向由过去用于农业生产转向增加农村公共产品的供应。将过去长期由农民缴费负担的农村公共产品，转为由政府公共支出保证，建立符合市场经济要求的农村公共财政运行机制，从法律和制度上规范国家与农民的分配关系。
转变职能，推进农村综合改革，提高效率，从根本上堵住农民负担反弹的口子。
积极开展乡镇机构、农村义务教育和县、乡财政管理体制改革，建立精干高效的农村行政管理体制和运行机制，覆盖城乡的公共财政制度，政府投入办学的农村义务教育体制。可以按照各级财政的财力状况，决定中央与地方各级财政分摊基础教育经费的比例，比如，按“三、三、二、二”比例分担，即中央供应30％，省供应30％，地市供应20％，县供应20％，或者根据不同地区、不同级次财政的财力状况，分别核定负担比例，确保农村九年制义务教育的经费供应。制定和倡导农村社会办学的优惠政策，吸引各种社会资金承办农村基础教育，减轻政府财政的资金供应压力。转变乡镇职能，简并乡镇事权。乡镇机构设置采取简并和兼职相结合。只有少设机构，多设兼职，才能简并机构，转变职能，提高效率，从根本上堵住农民负担反弹的口子。
没有地方经济发展和财政状况的改善，农民减负就难以完全实现。农村财政是国家财政的重要组成部分，农村税费改革是农村财政改革的重要内容。整个国家财政分配体制和运行机制的改革要以公共财政理论作指导，作为农村财政改革的重要内容，农村税费改革必然要求以公共财政理论作指导。税费改革、农民减负与县乡财政状况紧密相连，没有地方经济发展和财政状况的改善，农民减负就难以完全实现，税费改革就缺乏推进的基础。
