股份合作制企业的管理是指其内部组织的动作、协调，以最大限度地发挥该组织的作用。

企业管理：社区型股份合作组织和企业型股份合作组织的企业管理都是以股份制机制为主体，实行董事会领导下的厂长（经理）负责制。这种管理体制的基本形式是“两权分离”。“两权分离”体现于两个层次。第一个层次是股东终极财产所有权与企业法人财产所有权的分离，表现为股份的不可退性和企业财产的不可分割性；第二个层次是企业所有权与经营权的分离，主要采用承包制，由厂长（经理）与董事会签订承包合同。

土地管理：在社区性的股份合作经济组织中，土地归经济组织所有和管理，对农户实行土地承包经营，由经济组织对农户经营提供产前、产中、产后服务，经济组织根据农户生产的需要，或提供无偿服务，如组织原材料和生产资料供应，引进推广技术等；或组织农户 兴修水利等生产性基本设施建设；或组织农户推销农副产品和举办加工企业。

财务管理：股份合作经济组织的财务管理，充分体现民主理财的原则。董事会每年必须向股东（代表）大会提交财务预算、决算方案和股红分配方案，由股东（代表）大会审议通过。

行政管理：行政管理是企业管理的一个部分，其任务是从思想政治和生活后勤等方面保证企业的生产经营得以正常的动转和获得较大效益。同时还有协助政府贯彻有关政策法令，宣传党的方针路线的任务。